【AG百家乐官网】NGS“惨败”,第三代测序首次成功诊断罕见病!

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AG百家乐首页-目前临床上主要利用较短读长测序(SRS)来展开基因组学分析,比如二代测序。SRS的主要特点是通量低、精确基数低以及成本低,但它无法解决问题高度杂合的基因组、高度反复序列、低GC区域、拷贝数变异、大的结构变异等问题。相比而言,长度宽测序(LRS)具有与之有序的优势,在临床上可以检测到SRS遗漏的遗传变异。

第三代测序技术的明显特征就是读长比二代测序更长。近日,科学家们首次利用第三代测序技术顺利确认了二代测序没能检测到的致病性大片段缺陷变异,最后发病了一种少见遗传病。涉及结论公开发表在BioRxiv上。  他患上疑难杂症,二代测序临床无果  这名患者为西班牙裔男性,无并发症足月胎儿,出生于前10天由于心脏和排便问题住院。

7岁之前身体保持良好状态。7岁时,他被找到患上左心房粘液瘤,并拒绝接受了手术手术。10岁时,他被找到患上睾丸肿块,肿块手术后被确认为睾丸母细胞瘤。13岁时,他被找到患上垂体瘤,并拒绝接受了激进化疗。

16岁时,他又被找到同时患上肾上腺垂体微腺瘤和左心室及右心房心脏粘液瘤发作,并拒绝接受了第二次非常简单的发作粘液瘤手术手术。18岁时,他再度拒绝接受了复发性粘液瘤手术手术。此时,遗传学家指出他的症状有可能为Carney综合征(Carneycomplex),并展开了Carney综合征病原基因(PRKAR1A)临床检测,但检测结果为阴性。

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  19岁时,超声波检测找到了多个甲状腺结节,因而他同时还被临床为ACTH非依赖性库欣综合征。21岁时,他通过经蝶窦切除术来手术垂体肿瘤,但左心室复发性黏液瘤又被找到。

到目前为止,他仅有拒绝接受抗凝血激进化疗以增加中风的风险。  2016年,他考虑到心脏移植。重制团队指出心脏移植之前不应展开精准的分子临床。

此次他们使用了Illumina的HiSeq2500展开仅有基因组测序。数据分析由斯坦福医学临床基因组学服务(StanfordMedicineClinicalGenomicsService)负责管理。此次测序确认了一些单核苷酸变异和片段缺陷以及放入,但未确认任何可以说明患者临床症状的变异。

  第三次测序首次确认与“疑难杂症”涉及的致病性结构变异  为了更进一步临床,研究人员利用PacBioSequel系统展开了低覆盖度的全基因组测序,并且寻找了结构变异。他们共计找到了小于50bp的6971个缺陷片段和6821个放入片段。

通过与对照组比起,研究人员回避了一些牵涉到的变异,在疾病基因的外显子区域确认了3个缺陷片段和3个放入片段。其中一个为PRKAR1A基因外显子的2184bp杂合子缺陷,该基因也正是Carney综合征的病原基因。  这些变异通过Sanger测序以求证实,并被列为到病原变异说明标准中。

该研究首次顺利应用于仅有基因组的长度宽测序来辨识病原变异,这意味这长度宽测序在确认致病性结构变异上具备相当大潜质。研究人员敦促更好的研究来评估长度宽测序的诊断率,并研发少见人类结构变异综合目录,为将来的研究获取反对。【AG百家乐首页】。

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